Target gene
Target gene 데이터베이스에 있는 정보와 서열유사성 분석을 통해 목적 유전자군의 정보를 얻을 수 있습니다.
식물의 색소, 병에 대한 방어기작, 전사조절인자, 개화기 및 화기발달관련 등 식물의 특정 형질에 관여하거나 또는 특정 Metabolite 의 생합성에 관련된 경로들의 구조유전자들과 이를 조절하는 유전자군을 기반으로 Target gene 데이터베이스가 구축되었습니다.
이를 근간으로 관심있는 유전자들의 정보를 정리하여 RNAseq 의 결과해석에서 우선적으로 확인할수 있는 후보군을 정리하고 있습니다.
식물의 색소, 병에 대한 방어기작, 전사조절인자, 개화기 및 화기발달관련 등 식물의 특정 형질에 관여하거나 또는 특정 Metabolite 의 생합성에 관련된 경로들의 구조유전자들과 이를 조절하는 유전자군을 기반으로 Target gene 데이터베이스가 구축되었습니다.
이를 근간으로 관심있는 유전자들의 정보를 정리하여 RNAseq 의 결과해석에서 우선적으로 확인할수 있는 후보군을 정리하고 있습니다.
Work Flow
| No. | Target gene Target pathway |
Related pathway | No. of genes |
|---|---|---|---|
| 1 | Plant pigments | Chlorophyll metabolic pathway | Carotenoids(Xanthophyll, Lycopene) metabolic pathway | Flavonoids metabolic pathway | Betalains biosynthesis | 310 |
| 2 | Plant transcription factors | MYB | WRKY | ERF | bHLH | ETC | 1,677 |
| 3 | Plant terpenoids | Terpenoid backbone biosynthesis | Monoterpenoid biosynthesis | Diterpenoid biosynthesis | Sesquiterpenoid and triterpenoid biosynthesis | 110 |
| 4 | Plant hormone | ABA biosyntehsis, transport, signaling | auxin biosyntehsis, transport, signaling | brassinodsteroids biosyntehsis, signaling | cytokinins biosyntehsis, signaling | ethylene biosyntehsis, signaling | gibberellins acid biosyntehsis, signaling | jasmonates acid biosyntehsis, signaling | salicylic acid biosyntehsis, signaling, response | 441 |
| 5 | Fatty acids biosynthesis | Cutin_synthesis_1 | Cutin_synthesis_2 | EU_galactolipd,_Sulfolipid | EU_phospholipid | FA_elogation_and_wax | FA_elongtion,_Desaturation | FA_synthesis | Lipid_trafficking | Mit_FA_and_Lipoic_Acid_ | Mit_phospholipid | Oxylipin_metabolism_1 | Oxylipin_metabolism_2 | Phospholipid_signialing | Pro_galactolipd,_Sulfolipid_1 | Pro_galactolipd,_Sulfolipid_2 | sphingolipid_1 | sphingolipid_2 | suberin_synthesis_1 | suberin_synthesis_2 | TAG_biosynthesis | TAGandFA_degradation | 1,066 |
| 6 | Abiotic stress | UV-B | HEAT | OSMOTIC | IRON | ALUMINIUM | WOUNDING | ABA | COLD | DROUGHT | LIGHT | NaCl | OXIDATIVE-STRESS | DEHYDRATION | COLD-DROUGHT-SALT | 3,150 |
| 7 | Biotic stress | Reference Resistance Genes | chitinases | ER-folding | PAMP recognition receptors | MAPK cascade linked to PAMP defense / innate immunity | cell wall reinforcement | calcium transporters | cyclic nucleotide gated channels | ROS breakdown | ROS production | ROS transport to apoplast | Redox signaling | ROS induced genes | Pectin sensing | Response to symbiotic fungus | phenylpropanoid pathway | PR1 regulon | 707 |
| 8 | Photosynthesis | Photosynthesis | Photosynthesis - antenna proteins | Carbon fixation in photosynthetic organisms | 168 |
| 9 | Flowering time | Aging | Ambient temperature | Circadian Clock | Flower development and meristem identity | Flowering time integrator | General | Hormones | Photoperiodism, light perception and signaling | Sugar | Vernalization | General | Flower development and meristem identity | Gibberellins | Hormones | Circadian Clock | Response to cold | Photoperiodism, light perception and signaling | 455 |
| 10 | Flower development | Flower development and meristem identity | 60 |
| 11 | Starch biosynthesis | ADP glucose pyrophosphorylase | Starch synthase | Sucrose synthase | Fructokinase | UDP-sugar pyrophosphorylase | Invertase | NDP kinase | Hexokinase | Phosphoglucoisomerase | Phosphoglucomutase | 40 |
| 12 | ETC. | 250 |
관련 분석사례
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